本试验站是一个相对独立的科研实体,由依托单位中国农业大学进行管理,现设试验站站长1名、副站长4人和站务管理人员6名,全权负责试验站的科研和管理工作,为了加强试验站的学术领导,试验站建立独立的学术委员会,学术委员会主任由石元春院士担任,实行学术委员会指导下的站长负责制。
试验站内部实行分室及课题组的分级管理体制,责任到人。试验站制定了《草业科学沽源坝上生态试验站管理条例》、《草业科学沽源坝上试验站安全操作细则》、《草业科学沽源坝上安全卫生工作守则》、《草业科学沽源坝上仪器设备管理办法》、《草业科学沽源坝上仪器设备学生使用守则》。试验站针对各种仪器的特点制定有仪器设备的操作规程,根据仪器的要求统一制订,各使用人登记并严格按照制订的仪器操作程序操作,违反试验站规章制度的学生和操作人员、损害仪器设备者按价赔偿。